旧址位于南阳市古宛城西北隅之梅溪河畔，即今南阳市建设中路北侧，与市人民公园北门隔马路相望。现为宛城区人民政府驻地。
南阳玄妙观，中国道教四大名观之一。该观的前身为建于东汉时期的南阳老君堂。据观内“泥牛古迹碑”记载：“汉光武夜战失骑，老君堂泥牛显灵”相助，今观内土丘隆起处即为遗迹。元代至元年间，在老君堂基础上建玄妙观。《老子》云：“玄之又玄，众妙之门”，以玄妙命观名，寓意道教教义深奥。明代洪武四年增建、正统二年扩建、嘉靖、万历年间增修。清代康熙年间易名元妙观，顺治、乾隆、咸丰年间屡有修茸，增建楼阁殿堂。经数百年 发展，元妙观规模日益宏大，神像75尊、殿宇房舍达310余间、占地面积150余亩、田产77顷，僧道行住常逾百人，成为豫西南著名道教活动中心。尤其是清廷颁元妙观内宫斗姥雕像，赐“慈云法雨”匾额和《大道藏经》、再赐“惠浃中州”和“全真广学”匾额，使元妙观声名远播，成为可与北京白云观、山东长青观、西安八仙宫相媲美的全国道教四大丛林之一。
鼎盛时期的玄妙观气势恢宏，主体建筑分五重，建筑中轴线上自南至北依次是无央殿〔亦称无梁殿〕、“惠浃中州”牌楼、山门（又名二神殿）、钟楼、鼓楼分立于山门内东西两侧、四神殿、正殿（又称三清殿）、玉皇殿（左有文昌殿、右有关圣殿）、祖师殿、斗姥阁。中轴东侧，自南至北，依次为灵官殿、太公殿、三官殿、韩祖殿。经东侧门达东偏院，自南至北，依次为十方堂、武候祠、藏经阁、吕祖殿。再东边，老君堂在藏经阁平行线前方，泥牛古迹碑在堂前。宛南公园在东偏院东边。中轴线西侧，自南至北，依次为土地城隍殿、七真殿、五老殿、张祖殿。经西侧门达西偏院，自南至北，依次为大斋堂、大厨房院、道院、功德祠及西北园。道观布局严整，殿宇雄伟，苍松翠柏，园亭佳秀，面积150余亩，形成完整的建筑群落。尤其是1906年建成的“惠浃中州”牌楼华丽轮焕，流光溢彩；斗姥阁高出城垣，巍娥壮观，10里外可见；藏经阁藏贮国宝典籍《大道藏经》，声闻海内；西北园占地5亩，凿地为池，叠石为山，池荷山亭，桥横廓回，茂林修竹，移步为景，开南阳园林建筑之先河。当时南阳北郊独山祖师宫 、方城县博望镇三元宫和南召县板山坪乡华阳宫，为玄妙观下院。
玄妙观为全真派道院。传戒分初真戒、中极戒、天仙戒三个阶段。观设主持1人，宣扬教义，领导修持；监院1人，总揽观内事务；其下设：1、客堂都管、总理、知客、书记，2、寮房巡照、纠查、巡寮、海巡，3、库房库头，4、帐房司帐，5、堂主、经师，6、号房房主，7、堂主，8、典造，所谓八大执事。典造之下，再设菜头、水头、火头、饭头、贴案等职，以分工合作，共揽道观各项事务。道观戒律有五条：一、丛林设立清规，道众云集，皆宜凛遵，当效祖师开山心法；二、银钱帐务，不得在外互相揭借；有滋事端，当顺守天命，听其自然；三、香火地亩，历来加增，私行当卖，禀官究惩，绅民故违，银地两空；四、本观及三元宫同居道众，均不许收度门徒，混乱十方规矩；五、三元宫系观中派人经理，不得私安当家，宜率由旧章庶免愆尤。玄妙观经济来源以土地收入为大宗。所有收支，日清月结。每月终召开茶食果会，邀八大执事审核帐目，如有错误，及时纠正，凡不经大众通过，无论何人，均不得借支或超支。
玄妙观道事除日常个人修真坐静外，旱祈雨，涝祈晴，祝国佑民，祈福迎祥。设坛时，斋戒沐浴，荤酒回避，且戒孕妇临坛。为富家度亡送殡，为难家诵经礼忏，也是道人的常务。
光绪三十年（1904年），清廷宣布废除科举制度，进行教育改革，清廷重臣张之洞提倡利用庙观资产建立新学。时任玄妙观方丈姚祥瑞积极响应，将南阳北关大街路东的一所宅院增修，创办元宗学堂。聘请南阳知名学者王衍宾出任校长，另聘请教员八名，考招学生一百名（初级班60名，高级班40名），按清廷学部颁布的新教程进行教学，首开南阳讲授地理、数学、历史等科目之先河，被百姓称之为“洋学堂”。每年教育费用600两白银，全部由玄妙观负责支付。据史料记载，这就是南阳教育史上的第一所“洋学堂”。创办元宗学堂，受到了南阳官绅们的赞赏，河南巡抚和学部将元宗学堂事宜报奏清廷，光绪皇帝慈禧太后十分赞赏，特御赐“全真广学”和“惠浃中州”匾额两面。宣统三年（1911年）辛亥革命暴发，元宗学堂随之停办。民国十六年（1927年），由玄妙观方丈聂啸霞倡导，在观东偏院武候祠内添修房舍，创办少怀小学，分高初两班，招生百余名。抗日战争期间，日机轰炸，学校星散一部分，余部在民国三十四年南阳沦陷时停办。
民国十三年（1924年），玄妙观在东偏院内收容无父母或父母贫困无依的7岁以上儿童，创办孤儿院，有管理人员两人。民国十八年前，抚育孤儿90余名，多时达百余名。民国三十一年（1942年）停办。
为孤儿院孤儿18岁出院的谋生计，玄妙观于1927年又创办育英工厂，内设织布、木工、玉器、鞋工四科，由技师分别教授孤儿技艺。全厂60人。民国二十七年（1938年）因日机轰炸和产品材耗高、工期长、成本大、难以自养而暂行停办。两年后重办，不久即又停办。
玄妙观曾以东偏院十方堂房舍为院址，与南阳红十字会合办红十字会医院。院长、医生、护士由红十字会调派，玄妙观承担食宿和工资开支。时南阳战乱频仍，住院者多系伤兵。该院民国十年（1921年）开办，因经济难以为继，于六年后停办。
按照玄妙观森严的丛林制度，本该是秩序井然的。但是，由于朝代更替、权力相争、战火不断，人随时势沉浮，功过留史，致使玄妙观衰败不振。近代社会动荡，日军飞机轰炸毁坏牌楼、殿宇和园林，兵燹毁斗姥阁，加之经济凋敝的影响和姚祥瑞、李宗阳、聂少霞三人传戒的巨额耗费，及庙观捐田3000亩以兴学，并元宗学堂、孤儿院 、育英工厂、红十字会医院所费，致使玄妙观财力不继，遂为衰落。1948年南阳解放前夕，在观道人仅余48人，庙宇破败，古柏萧然。
1948年11月4日，解放南阳。其后，南阳县人民政府驻玄妙观，道教活动中止，道人遣散。1978年中国十一届三中全会拨乱反正，国家的宗教政策得到全面落实。1995年10月16日，南阳市人民政府批转市民宗委《关于加强宗教活动场所管理的意见》：“将独山祖师宫开放为道教活动场所，并逐步在条件成熟时更名为玄妙观”。翌年，在南阳市道教协会和广大道众的倡导、支持和积极参与下，在南阳市北郊独山南侧、祖师宫下院之下，辟地动工，重建玄妙观。
